La comisión directiva es el órgano de toma de desiciones políticas y gremiales del CECEN. Está compuesta por 11 vocalías, cada una con un voto. Tiene además un presidente y un vicepresidente. Para reunirse usa un sistema de quorum simple.
Composición actual:
Presidente: Laura Fraile [matemática] - FEM! - La Mella en exactas
Vicepresidente: Julián Liparelli [biología] - FEM! - La Mella en exactas
FEM! (La Mella + no agrupados): 5 vocalías
El Frente (Lista Unidad + ENAcción): 3 vocalías
Nueva Ciencia + La Vertiente: 2 vocalías
Proyecto SUR: 1 vocalía